Chất thải chăn nuôi bao gồm chất khí như: Mùi khai (NH₃), mùi thối (SH₂); các vi sinh vật độc hại, chất thải rắn như phân và các chất độn chuồng, đang là một vấn đề khá bức xúc trong tất cả các phương án phát triển chăn nuôi từ quy mô nông hộ vừa đến chăn nuôi công nghiệp trang trại lớn. Chất thải chăn nuôi có thể làm nguy hại tới độ phì đất, nếu không quản lý tốt có thể gây ô nhiễm đất do nhiễm các kim loại nặng, ô nhiễm nước mặt, nước ngầm; chất thải chăn nuôi còn phát thải vào khí quyển hiệu khí nhà kính như CO₂, NH₃, N₂,... Song chất thải vật nuôi lại có thể trở thành nguồn tài nguyên quý giá nếu chúng ta biết tái sử dụng chúng làm vật tư cho ngành trồng trọt và thủy sản. Điều này làm tăng hiệu quả sử dụng nguồn nhân lực và giảm giá thành nông sản phẩm, tăng thu nhập, mặt khác nhờ được quản lý tốt nên nguồn ô nhiễm môi trường do chất thải vật nuôi gây ra được giảm thiểu tối đa.

Có nhiều biện pháp để xử lý chất thải chăn nuôi như theo phương pháp thông thường, thực hiện biện pháp cơ học (quét, hốt, thu dọn để nơi chứa); biện pháp hóa học (xử lý bằng những hóa chất làm bán mùi...); biện pháp sinh học (sử dụng những con sinh vật hữu ích để xử lý, như vi sinh vật hữu ích (EM), Biogas, trùn quế, bể chứa để xử lý sinh học...).

Trước tiên, trong xây dựng chuồng trại cần quan tâm xây dựng hệ thống quản lý và xử lý chất thải, hệ thống bao gồm: Nhà chứa phân đúng theo chuẩn vệ sinh môi trường, hệ thống ống thoát và hệ thống xử lý, các bể chứa xử lý sinh học khi đạt chuẩn mới cho phát tán ra môi trường. Riêng phần hệ thống xử lý, thông thường lợi dụng hệ thống này mà người ta tạo ra những sản phẩm chính để tham gia vào thị trường, thí dụ như: Biogas, nuôi trùn quế, hoặc chế biến ra phân hữu cơ bằng các phương pháp ủ tạo phân hữu cơ... Nhờ thế, nhiều trại đã biến những sản phẩm phụ thành sản phẩm chính làm tăng thu nhập cho trang trại của mình và góp phần đáng kể cho việc hạ giá thành sản phẩm chính.

1.                       Xử lý chất thải chăn nuôi, chất thải của các lò mổ bằng hệ thống hầm Biogas

Biogas (khí sinh học) là một loại khí được sinh ra từ chất thải động vật và xác động thực vật (gọi là chất hữu cơ) bị lên men trong điều kiện yếm khí. Biogas sẽ là một trong những nguồn năng lượng chính trong tương lai nhằm giải quyết chất đốt sinh hoạt, bảo vệ môi trường và bảo vệ sức khỏe cho cộng đồng dân cư. Khí sinh học Biogas còn được sử dụng cho đèn thắp sáng, lò sấy, máy sấy, đèn sưởi, bình nước nóng, tủ lạnh chạy bằng gas, chạy máy phát điện… Các chất bã cặn thải của hệ thống Biogas là nguồn phân bón giàu dinh dưỡng cho cây trồng, thay thế một lượng lớn phân hóa học. Điều quan trọng là phân gia súc sau khi bị lên men yếm khí đã loại trừ được các vi khuẩn gây hại cho con người, động vật. Vì vậy, việc nghiên cứu ứng dụng rộng rãi công nghệ khí sinh học (Biogas) là một giải pháp để giải quyết tình trạng ô nhiễm môi trường, cung cấp nguồn chất đốt, nguồn năng lượng rất hiệu quả ở nông thôn nước ta. Tại Indonesia, người dân có thể tiết kiệm khoảng 30 USD/tháng nhờ sử dụng Biogas.

Tất cả phân gia súc gia cầm đều được thu dọn chứa trong nhà chứa, sau khi đủ lượng phân tiến hành xây đống phân ủ oai, có thể thực hiện theo hai phương pháp ủ nóng hay ủ nguội. Phương pháp ủ nguội phân chuồng được nén chặt xen kẽ chất độn chuồng với độ ẩm 70%, sau đó dùng đất hay nylon che phủ cả đống phân, sau 6-8 tháng phân đã oai mục hoàn toàn, còn phương pháp ủ nóng như việc ủ nguội nhưng không cần nén chặt đống phân và định kỳ 2 tháng dùng dụng cụ xáo đống phân lại, cứ làm như thế khoảng 2 lần là phân oai mục, 4-6 tháng phân oai mục. Nhà ủ phân phải kín và có ống thoát hơi ở trên nóc nhà để hạn chế mùi hôi phát tán.

3/ Ủ sản xuất khí sinh học
Phương pháp này dựa vào nguyên lý lên men kị khí chất thải chăn nuôi để tạo ra khí CH₄, CO₂, H₂S, và một số khí khác. Các khí này được sử dụng để làm khí đốt dùng trong sinh hoạt gia đình, chạy máy phát điện…

4/ Ủ phân hữu cơ
 Sử dụng phân và một số nguyên liệu khác như cỏ khô, rơm, trấu, mụn cưa… trong một thời gian sau đó hỗn hợp này được sử dụng bón phân cho cây trồng. Phương pháp này sẽ làm cho phân hoai mục và làm tiêu diệt trứng giun sán, mất mùi hôi…

5/ Hồ sinh học
     Được sử dụng đối với chất thải ở dạng lỏng. Có thể kết hợp nuôi cá và dùng một số loại cây thủy sinh như bèo tây, rau muống… Các yếu tố này làm sạch nước thải chăn nuôi.